A történet Yaden Yuki-ról szól,hogy még időben odaérjen a Párbaj Akadémia felvételiére. Ez az Akadémia egy messzi szigeten helyezkedik el és arra szolgál, hogy a fiatalokból elsőrendű párbajozót faragjon. Jaden útközben belerohan egy idegenbe, aki nem más, mint Yugi Mutou. Jaden kártyái kiszóródnak, de kárpótlásul kap egy kártyát Yugitól,a szárnyas kuribót. Még épp időben érkezik meg a felvételire, ahol bravúrosan szerepel, habár máris akad egy ellensége. Sikeresen felvételt nyer a legalacsonyabb besorolású Osiris Red házba. Innentől kezdve csupa játék és tanulás vár rá, nagy kalandokba bonyolódik, sok barátra tesz szert, és elsőszámú ellensége, Dr. Crowler egyfolytában azon mesterkedik, hogy kirúgassa az Akadémiáról szegény Yadent.A végén Yaden lesz a legjobb párbajozó Az akadémián, és a világon is.Yaden Barátai:Syrus Truesdale,Alexis Rhodes,Chazz Princeton és Zane Truesdale(de ők a legjobb barátai). Még sok barátott szerez késöbb...